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PDB:1L2Y

タンパク質名

Trp-cage設計蛋白質TC5b

生物種

なし(合成)

生物学的役割

密に折りたたまれた小さいタンパク質を設計しその構造上の特徴を調べることは、タンパク質が折りたたまれるのに最低限どのようなアミノ酸配列が必要かなど、タンパク質の折りたたみ/変性の過程を知るのに大いに役立つ。

立体構造の特徴

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この論文では「トリプトファンのおり(Trp-cage)」モチーフを折りたたんだ、新しい20残基のタンパク質ついて報告されている。あまりきちんとは折りたたまれていない39残基のペプチドを出発点として、ペプチドをさらに短くしたり、変異を導入したりすることにより、生理的pHの溶液中できちんと折りたたまれる20残基のタンパク質が作り出された。2つのプロリンの両側にトリプトファンのインドール環とチロシンが配置されてできたTrp-cageが疎水性の核を形成しており、水溶液中ではトリプトファンの側鎖が完全に埋もれていることがNMRによる実験からわかった。Trp-cageモチーフのNMRの構造は小さいタンパク質に特徴的な重要な特徴を表している。すなわち、複数の二次構造、パッキングにおける側鎖同士の相互作用、立体的に一意に決まったアミノ酸の接触、そして全体としては密につまった構造を有する点である。Trp-cageを持つこのミニタンパク質は、サイズが小さく構造が単純で、構造の多様性が制限されていることから、タンパク質の折りたたみや変性の過程について、実験やコンピューター・シミュレーションでの研究に有用であると期待される。

タンパク質構造データバンク(PDB)

参考文献

原論文

  • Neidigh, J.W. Fesinmeyer, R.M. Andersen, N.H.; "Designing a 20-residue protein."; Nat.Struct.Biol.; (2002) 9:425-430 PubMed:11979279.

その他

著者: 永田 明希


English version:PDB:1L2Y